El Colegio "San Francisco de Así­s" de Arequipa, ha pasado por tres etapas de funcionamiento y estas obedecen a los cambios surgidos dentro de la historia de República del Perú.

Primera Etapa: Periodo "Calienes"
Por el añoo 1822, toma este nombre en homenaje a su ilustre fundador. Luego, el P. Esteban Rincón desde los años 1830, (finales del Virreynato), hasta la muerte del Canónigo Manuel Gonzales, mantiene su funcionamiento como una escuela que ofrece sus servicios en los Claustros del Convento.
El funcionamiento fue refrendado por la Ley Nro. 556 del Congreso de la República del 13 de enero de 1848, oficializándose como un Colegio público.

Segunda Etapa
Es conocida como la etapa del internado.
Entre los años 1893 a 1918.

Tercera Etapa: "De la Restauración"
Se inicia en sus dos primeros años bajo el nombre de "San Buenaventura". El P. Enrique Rodríguez, sobre la base de la Escuela que dirigí­a en ese entonces el P. Alfonso Arrisueño y que era a su vez Colegio Serifico conducido por el P. José Antonio Nuñez del Prado, apertura el funcionamiento oficial de la Escuela Primaria Nro. 556, según la Resolución Suprema Nro. 119 del 14 de abril de 1921, tiempo que fue oportuno para cambiar su denominación a "San Francisco de Así­s".

A los dos años de esta etapa de funcionamiento, bajo la Resolución Suprema Nro. 823 del 4 de noviembre de 1923 se amplí­a el funcionamiento del Colegio a Educación Secundaria Nro. 7987, prosiguiendo así­ su funcionamiento hasta el dí­a de hoy.

Cabe destacar que según Resolución Suprema Nro. 089 del 3 de mayo de 1934, tiene su prerrogativa de Seminario Menor Franciscano.

El Colegio San Francisco junto con el Colegio Guadalupe, son los únicos Colegios del Perú que han recibido la medalla de Oro "Sol Radiante" de la Instrucción Pre Militar (IPM).

Construcción del nuevo local
Viéndose que el local que tení­a pegado al Convento, ya era vetusto e inadecuado para una formación acorde a los lineamientos de la pedagogí­a actual, se ha adquirido un nuevo terreno, de una extensión de 9,350 m2, en la comprensión del Distrito de Cayma, donde actualmente se ha construido un nuevo Complejo Educativo-deportivo, que ha reemplazado la vieja casona de la Calle Jerusalén, gracias al esfuerzo de los hermanos que han trabajado bajo la dirección del P. Ami­lcar Ramos Delgado.

A través de su historia ha forjado grandes y honorables hombres que han llevado en alto el nombre del Colegio San Francisco de Así­s de Arequipa, a través de todos los rincones del Perú y del mundo entero, en los diferentes campos del ejercicio profesional, proclamándose como altos dignatarios y embajadores de un nuevo Perú, que hoy necesitan nuestros pueblos.

COLEGIO SAN FRANCISCO DE ASIS DE AREQUIPA
Ciudad de Arequipa. Perú